A maioria desses microrganismos provém da pele e, acima de tudo, do sistema digestivo. Antes da puberdade, a colonização é feita de maneira não estável e com um número muito pequeno de lactobacilos.
Como o corpo feminino produz estrogénios para iniciar o período fértil, a parede vaginal aumenta de espessura e secreta as substâncias que os lactobacilos precisam para produzir ácido lático. É por isso que o pH da cavidade vaginal é mantido abaixo de níveis que permitem o crescimento de outros microorganismos além dos lactobacilos (<5), o que favorece a sua predominância.
Quando a menopausa chega, um dos efeitos da deficiência de estrogénio é precisamente a mudança nessas condições, que se assemelham à cavidade vaginal das meninas.
Embora existam vários tipos de comunidades bacterianas em diferentes mulheres, a maioria delas tem o lactobacilo como germe dominante. Outros microrganismos também existem, mas geralmente não produzem patologia, a menos que sua concentração aumente muito em relação à dos lactobacilos.
Entre outros, na vagina eles podem viver juntos:
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Gadnerella vaginalis;
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Atopobium spp;
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Mobiluncus spp;
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Prevotella bivia;
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Bacterioides fragilis;
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Candida albicans;
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Escherichia coli;
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Staphylococcus aureus...